まだ幼い紫の上を引き取りたいと申し出る光源氏に、尼君は首をひねるばかり。拒まれてやむなく都に戻った光源氏は、藤壺女御が療養のために里邸に下がっていることを知る。いても立ってもいられず、光源氏は藤壺の女房に手引きをさせて藤壺のもとに忍び込み、想いをとげてしまった。
　　見てもまた逢ふ夜まれなる夢のうちにやがてまぎるるわが身ともがな
──こうやって逢える夜はまたあるのだろうか。まるで夢だ。それならこの身を夢に溶かし込んでしまいたい。
犯した罪に震える二人に、さらに懐妊という現実がおそいかかる。お腹の子を守るため藤壺は完全に光源氏を拒否。哀しみと不安にさいなまれる彼の前に、ふたたび紫の上が登場する。彼女が祖母の尼君を亡くして継母に預けられると知った光源氏は、盗むように紫の上を自邸に引き取った。藤壺の身代わりであったはずが、明るく屈託のない紫の上は光源氏の心のよりどころとなって、最愛の女性として成長を遂げることになる。

もうひとつ、光源氏には深い闇をのぞき込むような恋があった。
先の春宮妃であった六条御息所。知識も教養もプライドも高いこの年上の恋人を、光源氏は器用に愛することができなかった。次第に足が遠のくと、六条御息所は愛執とプライドのはざまで苦悩する。気晴らしに賀茂祭に出かけたところ、見物の場をめぐって正妻・葵の上の従者たちともみ合いになり、車を隅に追いやられるという屈辱を受けた。さらに葵の上の懐妊を知り、ゆらり……彼女の魂は生きながらさまよい出る。そしてお産に苦しむ葵の上にとりつき、殺してしまう──
光源氏に自分の妄執を知られた六条御息所は、伊勢神宮に仕える斎宮となった娘とともに、伊勢への下向を決めた。しばらく身を浄めるために滞在する嵯峨の野宮に、いくばくかの未練を抱えた光源氏が訪れる。
虫の声、松風、かすかな楽の音──晩秋の嵯峨野の夕月夜。おぞましい事件などなかったかのように、二人は長い年月を想い、光源氏はおもわず御息所の手をとる。やがてほのぼのと夜は明け、せまってくる訣別の時間。まるで物語そのものが御息所の魂を慰めるかのような、あまりに美しい別れの朝が描かれる。

朱雀帝が譲位して冷泉帝（実は光源氏の子）の世になると、光源氏は内大臣となって政権に返り咲く。藤壺の逝去という哀しみがあったものの、六条院という広大な邸を建て、紫の上や明石君をはじめ、ゆかりのある女性たちを住まわせる。35歳になっていた。
彼に嬉しいニュースが届く。若き日の恋人・夕顔の遺児が見つかったという。
夕顔は庶民の暮らすあたりで出会った素姓も知らない女性で、密会する廃屋で物の怪にとり殺されるという悲劇の最期を迎えていた。実は光源氏と出会う前は彼の友人の頭中将の愛人で、娘もひとりいた。夕顔の死後、娘は行方しれずとなっていたが、気高く美しく育って光源氏の前に現れたのである。光源氏はこの娘・玉鬘（たまかずら）を六条院に引き取り、養女にする。
しかし悪いくせで、光源氏は玉鬘にほのかに想いを寄せ始める。玉鬘は実の父・内大臣（かつての頭中将）に心を寄せ、養父の態度には困惑するばかり。玉鬘の気持ちを考えず、力ある者として不埒な態度をとる光源氏に、カリスマ性の翳りが見えはじめる。

40代となった光源氏はいよいよ自らの罪に対峙するときがやってきた。
朱雀院が娘の「女三宮」の結婚相手に悩み、もっともふさわしい相手として光源氏に白羽の矢をたてる。最初は断るものの、あの藤壺の姪であれば、似ているかも──そんな想いがかすめ、最終的に受け入れてしまった。皇族の女性を妻にすれば、その人が正室になる。つまり、これまで最愛の人であった紫の上は、「二番目の人」になり、彼女は哀しみと不安から病がちになっていく。その看病で光源氏が不在になったすきに、かねてから女三宮に想いを寄せていた柏木が忍び込み、この人妻に対し強引に想いを遂げてしまう。やがて女三宮は不義の子を宿す。柏木の恋文を見てしまった光源氏は二人の関係に気づき、我が子ではない我が子を抱くことになった。
「これが私の罪の報いなのだろう……」
自らも不義の子を父・桐壺帝に抱かせてしまったことをまざまざと思い出す光源氏。
作者は壮大な構想のもと、きっちりと光源氏に罰を与えた。

浮舟は、八宮がかつて女房として仕えていた中将の君に生ませた娘だった。八宮にうとまれて追い出された中将の君は常陸介の妻となり、浮舟も東国で育つ。縁談もあったものの、常陸介の実子でないことが相手に知られると破談。その心を慰めるべく、浮舟は都の匂宮邸に住む義理の姉・中君のもとに預けられる。
浮舟を見た薫は、案の定そこに大君のおもかげを重ねた。そして宇治に大君の人形を据えたいという願いを叶えるかのように、浮舟の気持ちは意に介せず、宇治へとさらっていく。
薫が美しい姫君を宇治に隠し据えていることを知った匂宮。彼は中君も手に入れながら、薫のものはすべて欲しい。薫のまねをして宇治の邸に忍び込み、浮舟までも自分のものにしてしまった。
みずから望んだことではないとはいえ、薫への裏切りにおののく浮舟。それでも、情熱的な言葉で愛をささやく匂宮に惹かれていく。
やがて二人の関係は薫に知られてしまった。宇治の邸は薫の命令で厳戒態勢が敷かれ、匂宮は近づくことさえできない。
「どうやっても私は死ぬ以外はない」
宇治川の激しい川音が、浮舟を誘い出す。

入水するつもりだった。
しかし浮舟は宇治川にたどり着く前に、宇治院の裏手の森のなかで倒れてしまったようだ。たまたま通りかかった「横川の僧都（よかわのそうづ）」に助けられ、浮舟は彼の妹尼の住む小野の里に運ばれていた。娘を亡くしていた妹尼は仏さまが授けてくれたと信じ、素姓の知れない浮舟を手厚く看病し、やがて浮舟は静かな山里で目を覚ます。
それまでは流されるままだった浮舟は、この地で生まれ変わる。
縁談も断り、みずからの意思で出家を果たした。つらくなったら念仏をとなえ、また、歌をしたためた。誰かの人形だった浮舟は、書くことで自分のほんとうの気持ちを知るすべを得たのかもしれない。彼女の生存を知った薫からの手紙にも、返事をすることはなかった。
この長い長い話は、
「浮舟が会ってくれないなんて、だれか違う男が隠し据えているのかもしれない」
という薫の邪推で終わっている。そのため『源氏物語』は途中で筆が置かれた、続きが散逸した、と考えられることもあった。しかし浮舟というはかない存在が、書くこと、祈ることによって生きる道を見出しているのは、ひとつのハッピーエンド。当時の女性読者にとっても大きな到達点だったのではないか。