船山の南麓、木々におおわれた閑静な高台に立つ。承応2年（1653）、現本堂が南禅寺の金地院から移築。方丈は伏見城の遺構の血天井があり、伏見城の御成殿とよばれていた建物を本堂としている。
方丈前庭の枯山水庭園は「獅子の児渡しの庭」とよばれる平庭で、一石も用いず、白砂にサツキの刈り込みを7・5・3に配置されており、比叡山を借景としている。